《指导意见》对海峡西岸公路水路交通基础设施建设作了重点布局。海峡西岸未来将形成“两纵四横”综合运输通道格局。“两纵”包括南北沿海通道、南北山区通道，“四横”包括北部通道、台湾北部—福州—西北地区通道、台湾中部—闽中沿海—湘赣通道、台湾南部—厦门—西南地区通道。

厦门港和福州港为主要港口

　　海峡西岸沿海港口形成以厦门港和福州港为主要港口，泉州港、莆田港和漳州港为地区性重要港口，宁德港等为一般港口的分层次港口布局，充分发挥厦门港和福州港在综合运输中的枢纽作用。

　　“十一五”期间，厦门港作为我国东南沿海港口群的主体港口，以发展集装箱干线港为重点，福州港和泉州港为支线港，其他港口为喂给港，各港口与公路、铁路等设施一道，形成完善的集装箱运输系统；形成以电厂等企业专用码头为主、公共码头为辅的海运煤炭接卸体系；根据石油化工企业的布局，湄洲湾港口重点建设大型石化码头。

　　15年内建成高速公路网络

　　海峡西岸高速公路规划布局以国家高速公路网相关路线和具有区域通道作用的路线为重点，争取用15年左右的时间，建成四通八达、服务高效的高速公路网络。包括沟通中部地区的厦门—成都、泉州—南宁、宁德—上饶高速公路，密切两岸联系的北京—台北高速公路，连接长三角和珠三角的沈阳—海口高速公路及其复线以及长春—深圳、福州—广州高速公路。同时协调和论证莆田—龙岩—梅州、丽水—武夷山—瑞金、厦门—三明等具有省际联络及拓展港口腹地功能的路线走向方案，深化福州、厦门、泉州等中心城市绕城高速公路和与主要港口、机场、运输枢纽联系的高速公路支线布局方案研究。

　　“十一五”期间，优先建设国家高速公路，加快打通沿海港口与内陆省份的集疏运通道，重点建设沈海高速公路、长深高速公路、京台高速公路、沈海高速公路联络线、泉南高速公路、厦蓉高速公路、福州—广州高速公路、福州绕城环线、集装箱港口疏港路等。　　

　　《指导意见》还要求福建省积极拓展多种投资渠道，探索市场化融资方式，加强对重点方向和薄弱环节交通项目的投资力度；鼓励社会资本进入港口、高速公路等交通基础设施建设领域。建议地方各级政府进一步加大对农村公路建设及养护的财政投入力度，将农村客运站点作为农村公路基础设施的重要组成部分，实行优惠的征地政策，同步规划和建设农村公路路线与沿线客运站点。重视港口资源的合理有序开发，重视港口岸线资源和土地的有效利用，切实采取措施，有效保护深水港口岸线资源。